Se si fa eccezione per la chiesa di S. Salvaro a S. Pietro di Legnago, l’Abbazia di S. Pietro di Villanova è l’unica chiesa del territorio extraurbano della provincia di Verona a possedere una cripta. Ma quella di Villanova è certamente una delle più belle cripte romaniche del Veneto, ricca e armoniosa, suggestiva per il gioco della luce e delle ombre nelle volte e negli intercolunni. Vi si scende per due fornici, riaperti nel 1925 sulle tracce delle scale originarie romaniche. Dall’analisi risulta in strettissimi rapporti con le analoghe costruzioni benedettine dell’ VIII secolo. Caratteristica, infatti, è la soluzione tripartita delle absidi ad oriente con la finestrella centrale, simbolo e richiamo della Trinità. Notevoli elementi l’assegnano all’ VIII secolo, sebbene alcuni studiosi la riferiscono al XII. La data (1557), scolpita sui collarini di due capitelli, sta a ricordare un rifacimento compiuto in quell’anno. Larga quanto la chiesa plebana, è divisa in cinque piccole navate. Tre di esse corrispondono all’abside maggiore e quindi alla navata centrale della chiesa superiore, le due laterali alla absidi e navate minori. Nell’abside maggiore si aprono tre finestrine a sguancio, delle quali la centrale è la piu ampia ed è stata rifatta sulle linee originarie nel 1931. Nelle absidi minori sta una finestra, pure in origine a sguancio, ma ampliata in periodo gotico. Le colonne nell’insieme sono 24, comprese quelle innestate nei muri perimetrali. Sette sono coronate da capitelli a otto spicchi, ripetendo un esemplare della chiesa superiore, e tutte sostengono le arcate a conci di tufo, talora con sagome a ferro di cavallo e voltine a crociera. La navata di destra, pur armonizzando nella forma e quasi nella misura con quella di sinistra, si palesa, dall’interno e dall’esterno, parte di un antico tempietto, anch’esso dedicato a S. Pietro Apostolo, e poi incorporato in periodo romanico nella costruzione dell’abbazia. A lato di questa navata si apre un piccolo corridoio sotterraneo, che aveva il compito di facilitare il passaggio dei benedettini dal monastero alla cripta, per loro anche chiesa invernale. Il pavimento, sulle scorte dell’originale, è stato rinnovato a stilari di pietra e su di esso sono raccolti, reperti della prima epoca romanica, una lapide funeraria usata come base ad una colonna, una stele con una frammentaria iscrizione, una ara pagana, dedicata a Giove dal liberto Eutichio. Sulla parete nord figurano due affreschi trecenteschi, con le scene del processo e della carcerazione di S. Agata, mentre, sulla volta e ai lati della finestrina di levante, vi è un Cristo in mandorla. Ai lati due figure acefale: a destra S.Pietro e a sinistra (probabilmente) S. Agata.