La monumentale ancona lapidea, in pietra di Nanto (dalle dimensioni di cm 280 x 220 x 50) è stata realizzata attorno al I decennio del XV sec. ed è costituita da una zona inferiore, ove si apre una serie di nicchie entro le quali sono scolpiti ad altorilievo:

• nella nicchia centrale, più ampia ed alta delle laterali, figura S. Pietro in cattedra, titolare dell’abbazia, solenne e maestoso, seduto su di un trono dai bracciali a testa di drago. Fa da sfondo un drappo panneggiante. Il santo indossa l’abito pontificale, riunito al petto da un grosso fermaglio. Ha in capo il triregno e con la mano destra è in atto di ammaestrare, mentre con la sinistra tiene le somme chiavi;
• nelle nicchie a destra troviamo i santi Nicola di Bari ed Andrea, mentre in quelle a sinistra rispettivamente S.Paolo e S. Benedetto, in atto di presentare, con ogni probabilità, l’abate Guglielmo da Modena, che resse il monastero di Villanova dal 1390 al 1410;
• nella zona centrale del paliotto, nel riquadro principale, è raffigurata una Crocifissione, mentre in quelli a sinistra le storie di S. Pietro, rispettivamente la Pesca miracolosa e la Tempesta sul lago ed in quelle a destra le storie di S. Agata, contitolare dell’abbazia, con le formelle relative al Processo a S. Agata ed al Martirio di S. Agata.

Sopra il corpo principale dell’ancona, svettano una serie di pinnacoli inframezzati a cuspidi, di sicuro richiamo alle Arche Scaligere, ove sono scolpiti a bassorilievo: Dio Padre in mandorla, al centro ed ai lati i simboli degli Evangelisti: a sinistra Luca e Giovanni, a destra Marco e Matteo. Alla base dell’opera una raffinata decorazione a rose e fogliami, contorna un elegante cartiglio, stranamente privo di qualsiasi traccia di iscrizione.
Sul presunto autore del polittico lapideo, vi sono scarse notizie.
Il Da Persico erroneamente ritiene il paliotto, opera del XIII secolo, mentre il Simeoni sostiene che l’ancona sia stata eseguita da Bartolomeo Giolfino nei primi decenni del XV sec.
Verosimilmente l’opera venne commissionata dall’abate Guglielmo da Modena, forse raffigurato nel benedettino in ginocchio davanti a San Pietro, a memoria di quanto l’abate operò per il ripristino dell’Abbazia e nel convento, come testimonia un’antica lapide in caratteri gotici, murata nel chiostro.
E’ opportuno ricordare come l’abate Guglielmo da Modena, insieme al culto di S. Pietro, istituì quello di S. Agata, a seguito del presunto ritrovamento delle ossa della martire da parte del vescovo di Verona, Pietro della Scala; ciò giustifica la presenza delle storie della Santa accanto a quelle di S. Pietro sul paliotto, ma anche in periodo coevo negli affreschi della cripta ed in epoca più tarda nella magnifica pala dell’altare di destra.
Sicuramente, come scrive la Cuppini, l’ancona di S. Pietro “è un’opera di transizione, non più gotica e non ancora rinascimentale, dove gli accenti di un’età si accavallano con quelli di un’altra in un miscuglio di vocaboli ancora trecenteschi e di novità sfiorate con diffidenza”. La studiosa riscontra stringenti affinità con le opere conservate nella parrocchiale di Colognola ai Colli, ove è conservata una scultura di Bartolomeo Giolfino datata 1433.

Tale tesi è condivisa dalla Rama, attribuendo l’ancona di Villanova all’ambito del Giolfino, in particolare evidenziando la medesima impostazione scenica, con il martirio di S. Biagio di Colognola, caratterizzato da un accentuato frontalismo delle figure principali e da un uso ancora bidimensionale dello spazio di derivazione medioevale.
La greve monumentalità del San Pietro, per quanto attenuata dal panneggio goticheggiante, richiama ancora la ieraticità e la monumentalità della plastica veronese del XIV secolo. Un certo realismo fisiognomico caratterizza il volto del presunto abate Guglielmo, mentre i profili cuspidati con decorazioni fogliacee della sommità dell’ancona, richiamano le linee architettoniche delle Arche Scaligere.
Spetta al Mellini l’attribuzione del rilievo di Villanova ad Antonio da Mestre, ritenuto l’autore di una serie di opere poste a Verona in S. Fermo ed in S. Anastasia. Vi è pure un collegamento cronologico fra la presunta esecuzione dell’ancona di Villanova e l’entourage artistico facente capo ad Antonio da Mestre e Martino da Verona, attivi in S. Fermo per la decorazione plastica e pittorica del pulpito e della Tomba Morano tra il 1396 ed il 1411.
Una citazione di Martino nell’ancona di Villanova si trova nella scena del processo a S. Agata, ove il modello del seggio del giudice è ripreso quasi fedelmente da quelli del dipinto del 1396 da Martino per i Dottori della Chiesa in S. Fermo. Per questi elementi, alla personalità artistica di Antonio da Mestre, potrebbe essere collegabile quello dell’ignoto maestro dell’ancona di S. Pietro di Villanova