L’ interno dell’ abbazia si presenta composto da tre navate senza transetto, concluse ad oriente da tre absidi. La copertura originaria è sostenuta da capriate in legno, ora nascoste sotto le volte a vela, realizzate in epoca barocca dagli Olivetani.

Entrando si nota che il presbiterio è notevolmente elevato all’ aula della chiesa ed è raggiungibile tramite una scalinata, che risale pure al periodo barocco. I muri della navata centrale della chiesa sono sostenuti a terra da una serie alternata di quattro colonne e sei pilastri. Questa serialità si interrompe a livello del presbiterio per lasciar posto a due grandi archi ribassati. Le colonne sono realizzate con marmi diversi e presentano capitelli di varie epoche, dal romano al gotico.